2015年9月1日，2016款斯柯达昕动正式上市，新车共推出7款车型，分别为1.4L手动前行版、1.6L手动前行版、1.6L自动前行版、1.6L手动创行版、1.6L自动创行版、1.6L自动智行 版 、1.4TSI双离合手自动一体智行版。

2016款斯柯达昕动在外观上基本延续了现款车型，仅在一些细节上有所不同。2016款昕动新增了时下颇为流行的璀璨金车身颜色，同时在侧翼子板上增加了“RAPID”标牌。同时 1.4T和1.6L顶配标配了黑色车顶、黑色后扰流板和后视镜、双色轮圈、熏黑尾灯、前雾灯、更大面积后风挡玻璃这些老款车型只有选装才有的套件。

内饰方面，2016款昕动基本延续了老款车型，仅在配置上有细微调整。新款车型座椅、方向盘、换挡杆包裹皮等处采用了精致的红色缝线，部分座椅还配有“RAPID”字样的专属绣字。新款昕动1.4T和1.6L顶配车型配备了和老款一样的自动单区空调，但新车空调滤芯具有花粉和PM2.5的功能。另外，2016款昕动装备了同级车少有的胎压监测系统。部分原属于高配车型的配置普及到了中低配车型上。例如，前行版车型增配白背光多功能仪表，创行版车型增配后排座椅4/6翻折功能。不过遗憾的是，2016款昕动全系配备了4个扬声器，而老款1.4T和1.6L顶配是配备了6个扬声器。

动力方面2016款昕动没有变动，依然搭载了1.6L自然吸气和1.4TSI发动机，最大功率分别为81kW（110Ps）和96kW（131Ps）；峰 值扭矩分别为155Nm及225Nm。同时新增了一款1.4L车型，参数与捷达和桑塔纳身上的保持一致。变速器方面新车匹配5速手动、6速自动、7速DSG变速箱。

作为年款车型，2016款斯柯达昕动可以说整体变化并不大，仅在外观和内饰的细节上做了调整，动力上延续现款车型，并取消了2款1.4T车型，增加了一款1.4L车型，明显是为了降低购入门槛。